Thực phẩm biến đổi gen trở thành chủ đề gây tranh cãi trên phạm vi toàn cầu.[39] Theo Cơ quan Quản lý dược phẩm và thực phẩm Hoa Kỳ (FDA), các loại thực phẩm từ thực vật biến đổi gen cần phải đáp ứng quy định an toàn như các loại thực phẩm không biến đổi gen.

Những loại sinh vật biến đổi gen khác nhau sẽ bao gồm các loại gen khác nhau và được đưa vào bằng nhiều cách khác nhau. Điều này có nghĩa là, để đánh giá mức độ an toàn của thực phẩm biến đổi gen cần được đánh giá đối với từng loài cụ thể và không thể đưa ra được một khẳng định chung về tất cả các loại thực phẩm biến đổi gen có an toàn hay không. Hiện tại, vẫn chưa có chứng cứ khoa học nào khẳng định sử dụng thực phẩm biến đổi gen có hại cho sức khỏe. Những hậu quả về mặt sức khỏe khi ăn các loại động vật đã trải qua biến đổi gen vẫn còn là một bí ẩn lớn. Trên thế giới cũng chia ra các luồng quan điểm khác nhau. Theo WHO, những thực phẩm biến đổi gen trên thị trường quốc tế hiện nay phải trải qua giai đoạn đánh giá an toàn rất nghiêm ngặt và thường sẽ không gây ra nguy cơ gì với sức khỏe con người. Tại các quốc gia chấp nhận sử dụng thực phẩm biến đổi gen, cũng chưa quan sát được ảnh hưởng nào lên sức khỏe con người do tiêu thụ thực phẩm biến đổi gen cả. Tuy nhiên nhóm không ủng hộ thực phẩm biến đổi gen đưa ra các quan điểm rằng sử dụng thực phẩm GMO lâu dài sẽ gây dị ứng, kháng kháng sinh, thậm chí gây ung thư. Trên thực tế vẫn có khả năng tồn tại độc tố trong thực phẩm biến đổi gen, bởi vì cây trồng truyền thống và cây trồng chuyển gen chỉ khác nhau về gen quy định tính trạng mong muốn, lượng độc tố tự nhiên (nếu có) tồn tại trong cây trồng truyền thống cũng sẽ có mặt trong cây trồng chuyển gen.[9] Tuy nhiên có một thực tế là trong thực phẩm chúng ta ăn từ xưa đến nay đều tồn tại độc tố ở hàm lượng nhất định,[9] hầu hết ở mức độ an toàn với người sử dụng.[40]

Hiện nay có một nhóm các chuyên gia đã lên tiếng bảo vệ thực phẩm biến đổi gen, cụ thể như:

• Thực phẩm công nghệ sinh học ít có khả năng gây dị ứng hơn so với các loại thực phẩm thông thường khác bởi chúng thường được sàng lọc trước để bảo đảm không chứa DNA tương tự như trình tự để mã hóa cho các protein gây dị ứng. Hơn nữa, các nhà nghiên cứu đang theo đuổi một loạt các phương pháp tiếp cận nhằm loại bỏ tác nhân gây dị ứng thực phẩm phổ biến hiện nay đã đe dọa người tiêu dùng.[cần dẫn nguồn] Ngoài việc nghiên cứu phương pháp này trên đậu nành thì còn đang tiến hành mở rộng ở nhiều loại thực phẩm khác như đậu phộng, sữa … Cây trồng công nghệ sinh học cũng đang làm cho thực phẩm an toàn hơn bằng cách giảm dư lượng thuốc bảo vệ thực vật và giảm khả năng nhiễm độc tố nấm mốc với trường hợp của cây bắp Bt.
• Thực phẩm biến đổi gen cũng không phải là nguyên nhân làm tăng khả năng kháng thuốc kháng sinh. Các nghiên cứu về sự phát triển của vi khuẩn kháng thuốc kháng sinh trong cơ thể người bằng "gen chỉ thị" (được sử dụng trong một số giống cây trồng công nghệ sinh học thương mại hóa đầu tiên), chứng minh một cách thuyết phục rằng căn nguyên của vấn đề này chính là do sử dụng quá liều một loại thuốc kháng sinh thương mại riêng biệt.[41][42] Hơn nữa, một nghiên cứu thực hiện vào năm 2010 cho thấy những người trồng bắp truyền thống bên cạnh bắp Bt được hưởng lợi từ việc giảm áp lực sâu đục thân bắp giống châu Âu.[42]
• Đặc biệt thực phẩm biến đổi gen là thực phẩm giàu đạm hơn so với thực phẩm truyền thống.[cần dẫn nguồn] Các chất đạm lại đóng vai trò quan trọng đối với sức khỏe con người và các loại vật nói chung. Những cây trồng có giá trị dinh dưỡng được cải thiện gồm giống Gạo vàng 2 (cung cấp tiền sinh tố A để khắc phục tình trạng thiếu vitamin A ở nhóm dân số tiêu dùng gạo), ngô Lysine (cung cấp chất lyzin chức năng cho thức ăn chăn nuôi lợn và gia cầm), và đậu nành SDA (có chứa dầu đậu này bổ sung hàm lượng axít béo Omega-3 tốt cho tim mạch).[43][cần dẫn nguồn]